| 2000/01 | 15ème de D1. |
| 2001/02 | 9ème de D1. |
| 2002/03 | 3ème de Ligue 1. |
| 2003/04 | 7ème de L1. En Ligue Europa (Coupe UEFA), l'Olympique Marseille élimine Liverpool FC (1-1, 2-1), l'Inter Milan (1-0, 1-0) et Newcastle United (0-0, 2-0) avant d'échouer en finale face à Valence CF (0-2). |
| 2004/05 | 5ème de L1. |
| 2005/06 | 5ème de L1. Défaite en finale de Coupe de France contre le Paris SG (1-1 (4-5 tab)). |
| 2006/07 | Vice-champion de France de L1 derrière l'Olympique Lyonnais. Défaite en finale de Coupe de France contre le FC Sochaux (2-2 (4-5 tab)). |
| 2007/08 | 3ème de L1. |
| 2008/09 | Vice-champion de France de L1 derrière les Girondins Bordeaux. |
| 2009/10 | Champion de France de L1. Les 23 joueurs alignés par l'entraîneur Didier Deschamps sont: Fabrice Abriel (32m/1b), Elinton Andrade (3m), Jordan Ayew (4m/1b), Hatem Ben Arfa (29m/3b), Garry Bocaly (4m), Laurent Bonnart (31m), Evaeverson Brandao (30m/8b), Benoît Cheyrou (32m/5b), Edouard Cissé (32m/1b), Souleymane Diawara (37m/4b), Lucho Gonzalez (32m/5b), Gabriel Heinze (27m/4b), Vitorino Hilton (12m/1b), Charles Kaboré (25m/1b), Baky Koné (27m/4b), Steve Mandanda (36m), Stéphane Mbia (27m/2b), Pape Mbow (3m), Fernando Morientes (12m/1b), Mamadou Niang (32m/18b), Cyril Rool (2m), Taye Taiwo (27m/3b), Matthieu Valbuena (31m/5b). Victoire en finale de Coupe de la Ligue contre les Girondins Bordeaux (3-1). |
| 2010/11 | Vice-champion de France de L1 derrière le LOSC. Victoire en finale de Coupe de la Ligue contre le Montpellier HSC (1-0). |
| 2011/12 | 10ème de L1. Victoire en finale de Coupe de la Ligue contre l'Olympique Lyonnais (1-0 ap). |
| 2012/13 | L1. |